C'est en -19, à la fin de la Guerre des Clones qu'a été donné l'ordre 66. Ce dernier est un ordre secret que seul les clones et le chancelier Palpatine connaissaient. Il signifie l'extermination pur et simple de tout les Jedi .
Le complot contre les Jedi
En -22 fut mise en place une armée de soldats clonés à partir du Mandalorien Jango Fett , ce dernier ayant accepté après que le Comte Dooku lui ait assuré qu'elle serait un instrument dans la chute des Jedi qui avaient décimé le peuple de Fett .
Un ordre secret, l'ordre 66 fut créé. Il ordonnait aux clones de se mutiner contre leurs généraux Jedi . Ordre que de rares clones pensèrent utiliser un jour.
Vers la fin de la guerre, une nouvelle génération de clones vit le jour sur Coruscant et non sur Kamino . Première manigance douteuse, dont peu de personnes furent informées. Ces clones avaient été créés pour assaillir le temple Jedi et ses occupants.
L'Ordre 66 : Exécution
En -19, Palpatine donna cet ordre après avoir fait basculer Anakin Skywalker , devenu Dark Vador , dans le côté obscur de la Force. Enfin le plan de Palpatine qui était d'exterminer les Jedi se mit en marche. Alors qu'Anakin et une faction de la 501ème légion prirent d'assaut le temple Jedi , tuant les Jedi maîtres comme padawans, Palpatine , autrement dit Dark Sidious ordonna l'exécution de l'ordre 66 à travers toute la galaxie. Alors, les Jedi en minorité fasse à leurs troupes se mutilant furent presque tous anéantis.
Les Jedi isolés de leurs troupes ou n'ayant pas voulu prendre part à ce conflit ressuent l'ordre de se rendre au temple Jedi . Ordre donné par les troupes clones afin que ces dernières les massacre.
Cependant, certains Jedi avaient survécu, soit par chance, soit par ingéniosité. Obi-Wan Kenobi et Yoda allèrent au temple désactiver le message avant de se séparer. D'autres Jedi comme Shaak Ti , Quinlan Vos , Tra'saa , Tholme ou A'Sharad Hett eurent la vie sauve. Mais tous dispersés à travers la galaxie, ils ne pouvaient être une menace pour l'Empire naissant du mensonge de la trahison des Jedi .
Clones Renégats
Certains clones de par leur complicité avec les Jedi et de leur personnalité évolué refusèrent d’exécuté l'ordre 66. C'est le cas de la plupart des Commandos de la République mais aussi de certains Commandants ou Capitaine et plus rarement de fantassins. Ces clones furent alors recherchés par l'Empire.
Début de l'Empire et de la Grande Purge Jedi
Après l'exécution de l'ordre 66, le chancelier Palpatine prit en plus des pleins pouvoirs, la confiance des sénateur en expliquant que les Jedi avaient trahi la République et que pour plus de sécurité un Empire serait créé. Palpatine annonça alors que les survivants Jedi serait traqués et tués.
La traque des Jedi, plus connue sous le nom de la Grande Purge Jedi fut dirigé par Dark Vador qui voulait retrouver Obi-Wan Kenobi , l'ayant gravement blessé. C'est ainsi qu'eu lieu le conclave Jedi de Kessel où Dark Vador sauvé in-extremis par les troupes de la 501ème ne tua pas moins de 8 Jedi parmis lesquels se trouvaient Bultar Swan et Tsui Choi . L'Empereur dans un acte de propagande annonça que son apprenti, seul, avait tué une cinquantaine de Jedi . Dark Vador , dans sa traque tua d'autres Jedi comme la nièce de Plo Koon , Sha Koon .
Certains Jedi se lancèrent dans des actes désespérés dans le but de tuer le plus grand nombre de clones , mais d'autres ne voulant pas gâcher leur vie durent survivre à l'image de Dass Jennir ou K'Kruhk .