La Grande Guerre des Sith, dite aussi guerre d'Exar Kun du fait du rôle central qu'il y a joué, est le deuxième grand affrontement entre les Jedi et les adeptes du côté obscur depuis la Grande Guerre de l'Hyperespace.
Le culte Krath
Dans les années qui suivirent la Grande Révolution Droïde, deux aristocrates du nom de Satal Keto et Aleema, sa cousine, arrivèrent au pouvoir dans le système de l'Impératrice Teta. Pourri-gâtés et oisifs, ils découvrirent un jour dans les archives de leur vieille famille des documents au sujet d'arts occultes pratiqués par une ancienne espèce maléfique, les Sith. Avec leurs amis de bonne famille, ils formèrent par jeu un culte nommé "Krath", en référence au personnage fréquemment cité telle une divinité dans les écrits (qui n'était autre qu'un lointain seigneur de l'ancien Empire Sith). Ils s'adonnèrent aux rituels conformément aux indications données, juste pour s'amuser.
Malheureusement, la pratique de ces rituels apparemment innocents commença à avoir des effets bien réels sur leurs esprits. Envoutés malgré eux par le côté obscur, ils se mirent à désirer véritablement sa puissance. Durant une visite du muséum galactique de Coruscant, ils repérèrent un livre ancien décrivant les traditions et rituels siths, probablement récupéré lors du massacre de Korriban. Trop heureux d'avoir eu la chance de croiser un tel artefact, ils s'arrangèrent pour le voler avec l'aide de professionnels qu'ils rémunérèrent grassement grâce à leur fortune familiale. Malheureusement, une fois en leur possession, ils s'aperçurent que le livre était rédigé dans la langue des Sith, indéchiffrable pour qui que ce soit depuis longtemps.
Cependant, Satal eut vent des rumeurs au sujet d'une planète nommée Ondéron jadis dirigée par un Jedi déchu qui se prétendait Seigneur Sith, Freedon Nadd. Les Jedi et la République assiégeaient la planète à cette époque, et les deux aristocrates profitèrent de la confusion pour s'infiltrer. Guidés par le côté obscur, ils débusquèrent les rebelles Naddistes, et obtinrent un entretien avec leur chef, le roi Ommin, après avoir montré leur sympathie pour le mouvement. Le roi ressentit la même aura familière maléfique que celle de Nadd et accepta de leur donner un talisman qui leur permettrait de lire les inscriptions du livre. Mais interrompus par l'assaut des frères Qel Droma qui venait libérer leur maître Arca Jeth prisonnier des rebelles, ils durent s'enfuir et rencontrèrent en chemin l'esprit du seigneur Sith Freedon Nadd en personne, qui leur accorda sa bénédiction et promit un destin glorieux à leur culte.
Grâce aux instructions du livre, ils acquirent davantage de puissance encore. Ils subjuguèrent l'esprit de leurs amis et leur famille et, avides de conquète, recrutèrent une armée de mercenaires et de droïdes de combat pour envahir la galaxie. Ils parvinrent ainsi à fonder une petite dictature, capable de défier à la fois la République et les Jedi. Ils repoussèrent facilement la force d'intervention de la République et lancèrent même un assaut ambitieux contre le conclave Jedi de Deneba pour démontrer leur force. Cependant, un Jedi déchu du nom d'Ulic Qel Droma prétendit vouloir les rejoindre. Satal Keto, méfiant, le surveilla et découvrit qu'il n'était autre qu'un espion Jedi qui voulait détruire leur culte de l'intérieur. Lors de la tentative d'exfiltration menés par les Jedi, il combattit la taupe en duel, mais fut vaincu. Cependant, après toutes ces années passées au contact des Krath, le combat acheva de faire basculer Ulic du côté obscur, et il prit sa place de chef conformément au code Sith.
La chute d'Exar Kun
Parallèlement à ces évènements, un autre Jedi suivit lui aussi la voie du côté obscur, Exar Kun. Quand il était jeune chevalier Jedi, Exar Kun développa un lien puissant avec la force. Un long entraînement lui permit de maîtriser avec un talent sans pareil le combat au sabre laser.
Egalement désireux d'accroître ses connaissances, le jeune Jedi se plongea à corps perdu dans l'étude de la Force, ignorant les mises en garde de ses maîtres. Il se croyait insensible à l'attirance du côté obscur. Le Conseil Jedi s'inquiéta quand il remarqua que la soif de connaissance d'Exar Kun commençait à ressembler à une soif de pouvoir. Depuis la chute de Freedon Nadd et le Troisième Grand Schisme, l'Ordre était devenu très vigilant sur la manifestation de tout signe avant-coureur du basculement d'un des leurs vers le côté obscur, et surveillait étroitement les éléments à risque.
Malheureusement, il leur avait déjà échappé. Alors qu'il se rendait dans le système Onderon, Kun rencontra l'esprit de l'ancien seigneur Sith Freedon Nadd, lui-même élève du terrible Naga Sadow, défunt leader de l'ancien Empire Sith. L'esprit indiqua au jeune Jedi où trouver les puissants secrets qu'il cherchait. S'aventurant dans les mausolées Sith de Korriban, Kun dut participer aux tests des seigneur Sith déchus.
Quand il réapparut, il avait franchit le point de non retour. Sa chute du côté obscur était inévitable. Afin d'achever son endoctrinement, Exar Kun se rendit sur Yavin 4. Là, comme d'autres avant lui et après lui, il rencontra les redoutables guerriers Massassi, fruits d'une abominable manipulation génétique sur des spécimens Sith par Naga Sadow qui cherchait à créer une armée de guerriers dociles.
Les Massassi capturèrent Exar Kun et l'offrirent en sacrifice à une ancienne Wyrm sith monstrueuse, chimère elle-aussi crée par Naga Sadow. Affrontant la mort, Kun embrassa totalement le côté obscur et canalisa sa haine pour tuer la Wyrm. Fort de son nouveau pouvoir, le jeune Seigneur Sith se débarrassa une fois pour toute de l'esprit de Freedon Nadd qui ne faisait que le manipuler. Époustouflés, les Massassi se soumirent comme esclaves au puissant Sith. Le pouvoir de Kun continua de grandir de même que son ego. Il ordonna aux Massassi de construire d'immenses temples à la gloire de son futur empire, et mena une expédition de recherches pour retrouver le vieux vaisseau de guerre abandonné des siècles plus tôt par Naga Sadow, le Corsaire, qui abritait l'arme qui avait fait exploser l'étoile géante durant la Grande Guerre de l'Hyperespace. Il utilisa aussi l'Alchimie Sith afin de créer de terribles monstres, tel que les Terentateks, assoiffés du sang des sensitifs à la Force.
La confrérie Sith
Cependant, régner sur Yavin 4 ne lui suffisait pas. Quelque part ailleurs dans la galaxie, il ressentait l'aura maléfique grandissante d'un autre seigneur Sith. Désireux de s'imposer comme le seigneur noir incontesté des Sith, Exar Kun attaqua le culte Krath du système de l'impératrice Teta d'où irradiait la présence obscure. Chez les Krath, Exar Kun se retrouva face à face avec l'autre Jedi déchu dont la force égalait la sienne, Ulic Qel-Droma.
Qel-Droma, désormais chef du culte Krath, était alors en guerre contre les Jedi, qui avaient mené en vain plusieurs missions de sauvetage pour le ramener à la raison. Exar Kun débarqua sur le palais royal de Cinnagar et décida de se débarrasser de ce rival qui risquait de lui faire de l'ombre.
Au terme d'une longue bataille et d'un duel tout aussi éprouvant dont aucun vainqueur ne sortait, l'esprit de Marka Ragnos, ancien chef défunt de l'Ancien Empire Sith, apparut aux deux combattants. Il leur ordonna de s'allier plutôt que de se battre, car il sentait que les deux Jedi déchus étaient les élus qui devaient amener un nouvel Age d'or des Sith annoncé par une ancienne prophétie. En conséquence, Qel-Droma et Exar Kun acceptèrent d'unir leurs forces : Exar Kun en tant que seigneur noir incontesté des Sith et Qel-Droma en tant que son apprenti.
Leurs armées, Krath et Massassi, s'unirent pour former la tristement célèbre "confrérie Sith".
La guerre contre la République
Animés par une ambition dévorante, Exar Kun et son apprenti tournèrent leurs regards vers de nouveaux horizons. A la tête de leur confrérie, ils menèrent une guerre acharnée contre la République et les Jedi.
Dans un premier temps, les deux seigneurs travaillèrent à réunir des forces. Exar Kun recruta des adeptes parmi les rangs des Jedi sur Ossus, et déroba notamment un puissant holocron Sith sur le cadavre de Maitre Odan-Urr qui le défendit au prix de sa vie. Etablissant d'abord soigneusement une stratégie, Ulic contacta les Mandaloriens dont le leader, Mandalore, avait jadis contesté des territoires au culte Krath dans le système de l'impératrice Teta. Ulic défit Mandalore au cours d'un duel, et les mandaloriens acceptèrent de lui faire allégeance. Exar Kun donna aussi à Ulic une terrifiante arme de destruction massive, la "Faucheuse Noire", capable de drainer l'énergie vitale d'une armée entière. Ulic testa l'arme avec succès sur les troupes de la République basées sur Raxus Prime, massacrant des bataillons entiers. Additionné aux créations alchimiques d'Exar Kun, les Sith étaient prêts pour le vrai combat.
La Confrérie Sith déclara officiellement la guerre à la République. Ulic Qel-Droma et Aleema à la tête des Krath et Mandalore à la tête des Mandaloriens firent converger leurs armées sur Coruscant. Mais ils avaient sous-estimé les capacités des défenseurs Jedi. Les forces de la Confrérie furent repoussées, et Ulic capturé. Ce dernier fut conduit à la Tour du Sénat pour y être traduit en Justice. Mais Maître Vodo Siosk-Baas sentait qu'Ulic n'avait pas agi seul et que son ancien élève, Exar Kun, était impliqué. Durant le procès, Exar Kun lui-même marcha sur le Sénat à la tête de ses redoutables Massassi dans une opération commando, avec le soutien des Mandaloriens. Il subjugua l'assemblée entière avec ses pouvoirs de la Force, et humilia le Chancelier suprême de la République. Mais c'est à ce moment que Maitre Siosk-Baas intervint et défia en duel son ancien élève. Malheureusement, l'inhabituel sable-laser à double lame de Kun et sa maitrise du côté obscur lui conféra l'avantage, et Siosk-Baas succomba. Exar Kun et Ulic Qel-Droma quittèrent Coruscant pour préparer leur prochaine bataille.
Cependant, la capture d'Ulic n'était pas le fruit du hasard. Elle avait été facilitée partiellement par son alliée, la sorcière Sith Aleema, qui avait ordonné à Mandalore de retirer ses forces au moment crucial. Après le sauvetage, Mandalore avoua tout à Ulic, et ce dernier décida de mettre fin au destin d'Aleema. Feignant l'ignorance, il poursuivit le plan de la Confrérie. Grâce à l'ancien vaisseau de Sadow, le Corsaire, ils attirèrent la flotte de la République dans l'amas de Cron dans le but d'utiliser l'armement du vaisseau afin d'en transformer les soleils en supernovas et détruire l'intégralité de la flotte en un coup, à l'image de ce que fit Sadow durant la Grande Guerre de l'Hyperespace. Ulic laissa à Aleema le soin de faire ce travail, en omettant de la prévenir des conséquences. Lorsqu'elle déclencha le dispositif du vaisseau Sith, il fut consumé en même temps que le reste de la flotte de la République par l'explosion de l'amas stellaire.
La fusion de l'amas de Cron en une gigantesque supernova provoqua une massive onde de choc qui se dirigea entre autres vers la planète Ossus. Cette dernière abritait la plus grande bibliothèque qui ait jamais existé, de même qu'une immense collection d'artefacts; et les Jedi s'empressèrent de sauver le plus qu'ils pouvaient avant que le cataclysme n'arrive. Profitant de la confusion, Exar Kun et Ulic Qel-Droma menèrent un raid sur la planète afin de s'emparer des précieux artefacts qui pourraient servir leur puissance. Tandis qu'Exar Kun se livrait au pillage, Qel-Droma faisait diversion en retenant les Jedi et les troupes républicaines. Jusqu'à se que se présente devant lui son propre frère, Cay Qel-Droma. Les frères ennemis combattirent dans un duel féroce, jusqu'à ce qu'Ulic finisse par triompher, et tue Cay. Sur le moment, le seigneur Sith fut frappé d'effroi quand il se rendit compte de la gravité de son geste. Maitre Nomi, qui avait aimé Ulic par le passé, fut envahie de chagrin en voyant cet acte. Elle utilisa ses extraordinaires pouvoirs afin de sectionner en quelque sorte le lien d'Ulic avec la Force. Ce dernier, sans pouvoir, se repentit de ce qu'il était devenu.
Rongé par le remord du meurtre de son frère, Qel-Droma abandonna le côté obscur et trahit Exar Kun. Il rejoignit les forces de la République et les mena vers le bastion de la Confrérie sur Yavin 4. La flotte de la République bombarda la surface de la lune, rasant les temples de la Confrérie et brulant la jungle qui la cachait. A l'instar de l'armée Sith de Naga Sadow lors de la Grande Guerre de l'Hyperespace, la République se doutait que la Confrérie d'Exar Kun n'était rien sans son chef, et que la victoire dépendait de son sort. Pourtant, le seigneur Sith n'avait pas dit son dernier mot: averti par le côté obscur, il devina l'arrivée de la flotte et fit ses derniers préparatifs. Il rassembla ses troupes barricadées dans le Temple et les sacrifia en aspirant leur énergie vitale afin d'exécuter un rituel qui lui conféra une forme spectrale invulnérable. Il était devenu un esprit Sith.
Depuis la flotte, les Jedi ressentirent la transformation d'Exar Kun. Conscient qu'il ne pourrait le vaincre totalement, Maitre Nomi mena avec ses pairs l'invocation d'un "Mur de lumière" grâce à la Force, qui emprisonna l'esprit d'Exar Kun dans le temple de Yavin 4. Il y demeurera prisonnier jusqu'à être retrouvé par le Nouvel Ordre Jedi de Luke Skywalker qui eut la mauvaise idée de l'installer sur cette planète; 4000 ans plus tard.
La mort d'Exar Kun et la rédemption d'Ulic Qel-Droma laissa la Confrérie sans chef, et les survivants, essentiellement chez les Krath, se dispersèrent ou furent prisonniers. Toutefois, les armées mandaloriennes refusèrent d'abandonner le combat, fidèles à leur serment, et poursuivirent la guerre seuls contre la République. Ils furent repoussés jusque sur la lune Dxun, où Mandalore périt dévoré par des bêtes sauvages. Puis la République reprit le contrôle du Système de l'Impératrice Teta, et les derniers vestiges de la Confrérie furent détruits.
Conséquences
Les pertes des Jedi ont été grandes lors de cette guerre, mais plus grave encore fut la destruction du Temple d'Ossus. Ce joyau de l'Ordre, qui l'avait habité pendant vingt millénaires, n'était plus que ruine. Les Jedi avaient perdu une grande partie de leur immense collection d'artefacts ainsi que leur Grande Bibliothèque qui couvrait alors l'intégralité de l'Histoire de la République. Après un long débat, l'Ordre Jedi décida de déménager son siège dans l'académie de Coruscant, qui devint le nouveau Temple Jedi.
L'histoire d'Exar Kun est riche en enseignements sur le danger de la quête du pouvoir et d'une puissance sans limite par un Jedi trop talentueux, mais le plus intéressant est le fait qu'il n'était pas du côté de l'Empereur Sith exilé sur Dromund Kaas. Et le fait que les esprits des anciens seigneurs Sith aient soutenu Exar Kun suggère qu'ils ne soutenaient pas l'Empereur Dark Vitiate.
Même si Exar Kun n'avait aucun lien avec le véritable Empire Sith, sa chute du côté obscur prépara le terrain pour les Guerres Mandaloriennes et la chute de Revan et Malak, qui par contre ont été orchestrés par l'Empereur Dark Vitiate.